Motomu Kiyokawa

Shinji erwacht nach 14 Jahren und findet sich auf dem Schlachtschiff AAA-Wunder der Anti-NERV-Organisation WILLE wieder, die von Misato und anderen ehemaligen NERV-Mitgliedern gegründet wurde. Obwohl Shinji für Rei alles riskiert hatte, konnte bisher nur er aus der EVA-Einheit 01 geborgen werden. Als das Schlachtschiff plötzlich von EVA 09 angegriffen wird, hört Shinji die Stimme von Rei und begibt sich in die Obhut der EVA-Einheit, um mit ihr zu verschwinden. Er wird zur fast komplett zerstörten Geofront gebracht. Hier versucht Shinji sich an die neue Umgebung anzupassen und trifft dabei auf den rätselhaften Kaworu Nagisa. Beide begeben sich auf die Suche nach Rei und stoßen dabei auf schreckliche Wahrheiten hinter den Engeln, NERV, den Evangelion und dass die Rettung von Rei den Third Impact ausgelöst hat, der die Erde stark verwüstet hat.

Der Pilotin Mari gelingt es mit EVA 05, den 3. Engel in der NERV-Außenstelle Bethania zu besiegen. In der Zwischenzeit kommen Asuka und EVA 02 in Japan an und zerstören den 7. Engel. Doch der 8. Engel nähert sich bereits aus dem Weltall und greift das NERV-Hauptquartier an. Nur durch die Zusammenarbeit der drei Children gelingt es, ihn in letzter Sekunde zu stoppen. Als die EVA-Einheit 03 nach Japan gebracht wird, um dort mit Asuka die erste Aktivierung zu durchlaufen, stellt sich heraus, dass die Einheit vom 9. Engel übernommen wurde. Shinji soll die außer Kontrolle geratene EVA-Einheit zerstören, weigert sich jedoch, weil er Asuka nicht gefährden will. Sein Vater Gendo aktiviert daraufhin das Dummy-Plug-System und der ferngesteuerte Kampf gegen EVA 03 beginnt ...

Seit die Erde von einer beispiellosen Katastrophe, dem Second Impact, heimgesucht wurde, attackieren riesenhafte Engel die Erde und haben die Stadt Neo Tokyo-3 ins Visier genommen. Das Schicksal der Menschheit liegt nun in den Händen der NERV-Organisation. Diese befiehlt den 14-jährigen Shinji Ikari zum NERV-Hauptquartier: Er ist als Pilot für EVA-Einheit 01, eine biomechanische Kampfmaschine, vorgesehen, um die Angriffe der Engel abzuwehren. Doch beim gemeinsamen Kampf mit EVA-Pilotin Rei Ayanami gegen den sechsten Engel wird Shinji schwer verletzt. Da der sechste Engel ins NERV-Hauptquartier vorzudringen droht, plant Einsatzleiterin Misato Katsuragi die „Operation Yashima“ – dabei soll der gesamte Strom Japans gebündelt werden, um den Engel mittels einer Positronen-Kanone zu vernichten. Wird das Vorhaben gelingen?

Die Geheimorganisation SEELE greift NERV an! Die Invasion der Geofront hat begonnen, und SEELEs einziges Ziel ist die totale Vernichtung, insbesondere der drei EVA-Piloten. Shinji, dem die Kraft zum Kämpfen fehlt, läßt Asuka allein gegen die neun EVAs von Seele antreten. Und während Gendo Ikari, der Kommandant von NERV, seine eigenen Ziele verfolgt, erfahren wir alles über den Anfang vom Ende von NEON GENESIS EVANGELION …